為了保證發酵罐正常運行，用戶除了必須熟悉設備的工作原理與各部件的結構、性能作用以及管路、閥門的作用外，還應該重視和加強設備的維護與保養，只有做到設備精心維護才能保證設備處于最好狀態，延長設備工作年限。
發酵罐系統的維護與保養可分為日常和定期兩種方式，二者缺一不可。

日常檢查維護 （設備運行中的監控內容應做好相應記錄）
系統壓力、罐內壓力是否穩定在規定范圍。攪拌系統、控溫系統、電磁閥響聲是否正常。培養液顏色是否正常。溫度、溶氧PH顯示參數是否與設定符合。罐內液位是否正常。閥門管接頭、各接口是否正常，有無泄漏情況。

定期檢查維護
隔三個月，需對設備進行全面檢查修正。斷所有電源、水源、氣（汽）源。 仔細檢查系統所有密封圈、密封端的情況是否正常。如有變形、老化、劃傷、損壞，必須更換。檢查除菌過濾器完好情況，有破損、堵塞現象就要更換。 電機碳刷磨損情況與整流子、軸承、聯接器、攪拌系統情況。
檢查電器控制器所有開關、按鈕、電器、電子元件、固定螺絲、螺帽是否有松動、發熱現象。

發酵罐罐體的清洗維護和保養
● 清洗
發酵罐罐體是直接與物料接觸的場所。其表面光潔度的程度以及內部構件的清潔度是直接影響染菌的處于因素。因此，在每次發酵結束后和再次使用前都必須及時清洗罐體及相關設備，清洗時應注意電器元件、電 極接口，不能進水，受潮。 清洗前應取出pH、DO電極按其要求保養。
清洗罐內可配合進水進氣、電機攪拌、加溫一起進行，如多次換水還不能清洗潔凈，則要打開頂蓋用軟毛刷刷洗罐內部件。
方法如下：控制開關與電源開關，取下頂蓋電極、電機及其連線插頭。拔下進氣膠管冷凝器快速接頭拆下進氣過濾器上膠管與接頭；把頂蓋連同攪拌一起垂直向上拆卸下來，并橫置于平整桌面，墊好、不要碰撞軸和葉輪，用中性洗滌劑刷洗罐體及內部各部件。
注意：罐蓋搬動清洗時只能抓住軸套或頂蓋，不能抓攪拌軸、葉輪和其它易變形部件。 在清洗同時，應對其罐及出口閥等一些O形密封圈進行檢查，如發現變形、老化、由劃傷等現象需及時更換。清洗完畢重新安裝后，應對其外表及罐架等用抹布擦干。擰緊罐蓋六個緊固螺絲，用力要平衡并注意罐與罐座間隙均衡。對于玻璃發酵罐的清洗應特別要小心，拆裝時不要碰撞；擰緊罐蓋緊固螺絲時，用力一定要平衡，并注意間隙均衡，已免損壞玻璃罐體。
● 密封性試驗
將電極、電機、電纜、進出氣軟管、冷凝器進出水接頭安裝就位；安裝完畢后要對罐體內通氣作密封性試驗。對系統進行2~3小時試運行，如有問題作相應處理后，方可正式使用。

發酵罐的待用
如果短期內需再次培養發酵，應對其進行滅菌。然后通入無菌空氣，保壓待用。 如準備長期停用，則應對其進行滅菌，然后放去水箱與罐內存水，放松罐蓋緊固螺絲，取出電極保養儲存好，將罐、各管道余水放凈，關閉所有閥門、電源，蓋上防塵罩。
● 注意事項
滅菌前應檢查、調整蒸汽發生器的輸出壓力；
滅菌過程中應檢查罐內氣壓；
發酵前應檢查、調整空壓機的輸出壓力；
發酵過程中應檢查罐內氣壓。